Obhajoba je nedílnou součástí hodnotícího procesu SOČ a nelze ji nikdy vynechat. Pokud je SOČ pořádána prezenčně, vyžadována je prezenční přítomnost soutěžícího. Koná-li se obhajoba online, připojí se prostřednictvím poskytnuté distanční platformy.
Obhajoba probíhá formou přátelské a kolegiální rozpravy.
Čas obhajoby a následné diskuse je určen na 5+10-15 min. Každý soutěžící dopředu připraví prezentační video v rozsahu maximálně 10 min (youtube), které je dostupné pro hodnotitele. Během obhajoby soutěžící krátce představí hlavní teze a výsledky své práce v rozsahu maximálně do 5 min a následuje diskuse cca10 min. Pro představení práce je možné využít počítač s data projektorem.